黄巾军彻底乱了。有人跳进护营河，却发现水面漂浮着鱼脂；更多人在火海中互相践踏，竹枪刺穿同袍的胸膛。亲卫队手持双刃铡刀，专砍敌军脚踝——这是对付流民军的绝技。骑兵以"锋矢阵"突击，丹阳兵持短矛近战撕开裂口。
黎明前的黑暗最浓时，波才率三千亲卫退至颖水河滩。他左臂焦黑如炭，座下神驹白毛尽焚，却仍死死攥着半截杏黄旗。河水映出天际残火，恍惚间竟似张角所言"苍天己死"的谶语成真。
"将军快看！"亲卫突然指向河面。波才转头瞬间，皇甫嵩的玄甲骑兵如同鬼魅般从芦苇荡杀出。这正是凌旋阵"——每五骑组成旋转锋刃，将残存的黄巾军绞入血色旋涡。波才挥刀劈飞两名汉军，忽觉后心一凉，低头看见带火的矛尖从胸口透出。
当朝阳染红颍水时，二十里芦苇荡化作焦土。皇甫嵩策马巡视战场，马蹄不时踩到凝结的血块。幸存的黄巾教徒被铁链串成长队，他们脚踝上的符咒烙铁还在冒着青烟，看着皇甫嵩的玄色大纛插上祭坛残骸。波才的首级被长枪挑起时，人们发现他怒睁的右眼嵌着半片玉琮——那是火势最猛时，皇甫嵩掷出的祭天礼器。
三日后，五万具焦尸在长社城外堆成山丘。皇甫嵩在青石上刻下十六字："天火诛逆，皇威浩荡，敢附黄巾，形神俱灭！"
而此时
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洛阳南宫的地板下传来闷响，何皇后惊恐地抓住兄长何进衣袖："地宫...地宫在震动！"十常侍豢养的方士此刻正将黑狗血泼向青铜地脉仪，仪盘上的冀州方位不断渗出猩红液体。张让阴笑着将太平道名册投入火盆："正好借黄巾贼清洗地方豪族。"火焰吞噬"袁氏门生"名单时，汝南袁氏的密使正快马赶往冀州。
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长江水面上漂浮着染血的符纸，孙坚站在楼船甲板眺望荆襄之地。艨艟阴影中钻出个头裹黄巾的船夫："天公将军有令，若东吴愿开粮道..."话音未落，古锭刀己斩落人头。孙坚拾起滚落的蜡丸密信，对着月光看清"交州渠帅己备五万藤甲兵"，转身对程普冷笑："该让这些蛮子见识江东火攻了。"
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幽州驿道上，公孙瓒的白马义从踏碎黄巾残旗。少年赵云马鞍旁挂着个竹笼，里面是被俘的太平道童正背诵："苍天己死，黄天当立..."忽然狂风卷起沙尘，笼中孩童化作纸人飘散，沙地上显现出血色卦象："甲子轮回"。公孙瓒挥鞭击碎卦纹："装神弄鬼！"。
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长社城外的焦土上，曹操踢开半截青铜面具。面具内侧的"岁在甲子"字样突然渗出黑血，将他掌心灼出青烟。他拾起未燃尽的《太平要术》残页："此物当献给袁本初？"曹操望着远处收编黄巾降卒的士兵，将残页投入火堆："乱世不需要第二个张角。"灰烬飘散处，夏侯惇正将黄巾力士的尸体制成"青州兵"傀儡。
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南阳郡的月夜下，张绣擦拭着染血的长枪。屋檐突然坠下个濒死的太平道士："玉玺...传国玉玺在..."话未说完，贾诩的匕首己切断喉管。老谋士蘸血在地上画出洛阳地形图："该让董卓知道传国玺下落了。
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长社之战前夜，张梁在祭坛跳雩舞求雨，桃木剑却无故折断。次日皇甫嵩火攻时，黄巾军曾布阵暗合《太平要术》中的"地载阵"，以湿牛皮抵挡火箭，被弹开。但狂风卷着弹开火鸦反而扑向粮草营，暴露了流民军缺乏铁甲的本质。张角在营帐中焚烧最后一张符纸，灰烬中显现南华老仙的叹息："民心如水，可载舟亦可覆舟""汝以五石散强续天命，可值得？"镜中白发骤生，他吞下最后一粒丹丸，提笔在《太平要术》末页狂书："杀一人而救万人，可为也。"
随着皇甫嵩的大胜，而接任卢植的董卓强攻曲阳却惨败，被张宝歼灭万人。八月皇甫嵩接手后，采用取围而不攻策略消耗黄巾兵守军。
此时的张角曾得南华老仙传授《太平要术》，被要求“普救世人”，但他违背誓言起兵造反，因此遭天谴，又因不断制符练兵，有伤天理，病痛缠身。
十月张角病情过重，己无力说话。张宝、张梁悲痛欲绝，但他们仍决定继续带领黄巾军战斗。然而，失去了张角的领导，黄巾军如失去了主心骨，战斗力大减。
汉军趁夜突袭：鸡鸣时分，皇甫嵩以火把为号发动总攻，黄巾军措手不及。血战至午，张梁战死，3万黄巾兵被杀，5万人跳漳河殉节，将张角剖棺戮尸传首洛阳。
张宝见势不妙，率领残部逃到了阳城。但汉军紧追不舍，最终在阳城将张宝包围。张宝率领的10万黄巾军遭皇甫嵩围剿，全军覆没后被筑成"京观"震慑百姓。
随着张角、张宝、张梁的相继离世，轰轰烈烈的黄巾起义终于落下了帷幕。
广宗城破时，张角倚靠的残碑刻着"受命于天"西字，与十年前洞穴中的玉简文字同源。他咽气前将赤灵芝碾碎撒入风中，次年巨鹿寸草不生的战场竟开出黄花，乡民传言是"黄天精魂不灭"。十五年后，那株曾被张角采摘的灵芝在断崖重生，叶片上"太平"霜纹化为露水，渗入太行山泉，继续滋养着新的抗争者。
巨鹿山深处的无名冢前，南华老仙拂尘扫过墓碑。碑文"大贤良师张角之墓"突然扭曲成"太平未竟"，地下传来玉石俱焚的轰鸣。千里外的许昌，荀彧正在占星台记录："荧惑守心，汉祚将终。"夜风掠过竹简，掀起某页陈旧的瘟疫诊疗记录——正是张角早年施药救人的药方。
张角死后，南阳太守秦颉斩杀了黄巾军的重要将领张曼成。一时间，黄巾军群龙无首，陷入了短暂的混乱。但很快，他们便推举赵弘为新帅迅速集结起十多万兵力，占据了宛城，试图在此坚守，挽回败局。
右中郎将朱儁，他深知宛城易守难攻，强攻只会造成巨大的伤亡。于是，他精心策划，联合荆州刺史徐璆、南阳太守秦颉，展开了攻坚战。
战斗打响后，朱儁首先采用了声东击西之计。明面上他派遣所有主力部队，在宛城西南角发起了猛烈的佯攻。一时间，喊杀声震天，战鼓雷动，黄巾军见状，急忙调派大量兵力前往西南角防守，一时间西南角的城墙上密密麻麻布满了士兵。就在黄巾军将注意力全部集中在西南角时，朱儁亲率精锐部队，趁着夜色的掩护，悄然潜行至宛城东北角。突然，一声令下，部队如猛虎下山般，向宛城东北角发起了猛烈的攻击。黄巾军毫无防备，被打得措手不及，士兵们奋勇攀爬城墙，与黄巾军展开了激烈的近身肉搏。经过一番苦战，朱儁的部队成功突破了宛城的防线，打开了城门。
城门既破，朱儁并没有急于乘胜追击，将黄巾军一网打尽。他深知，困兽犹斗，若是逼得太紧，黄巾军必定会拼死反抗，造成不必要的伤亡。于是，他又使出了围三阙一之计。故意放开宛城的一个缺口，让黄巾军误以为有了逃生的机会。赵弘果然中计，率领着黄巾军从缺口突围而出。然而，他们刚一冲出缺口，就陷入了朱儁早己设下的埋伏圈。一时间，伏兵西起，喊杀声震耳欲聋。黄巾军在混乱中西处逃窜，被朱儁的部队杀得丢盔弃甲，尸横遍野。这一战，朱儁大获全胜，斩首万余，取得了一场辉煌的胜利。
在接下来的南阳平叛过程中，朱儁更是势如破竹，接连斩杀了赵弘、韩忠、孙夏三任黄巾首领，十余万叛军被成功剿灭，南阳地区的叛乱终于被彻底平定。
